Khu tự trị Nùng có Hội đồng Lãnh thổ là cơ quan lập pháp. Cơ quan này gồm các đại biểu dân cử chiếu theo tỷ lệ 1000 dân cư thì được bầu lên một đại biểu. Hành pháp có Hội đồng cai trị thường trực. Tư pháp thì chiếu theo luật pháp chung của Việt Nam.[4] Điểm này khác hẳn khu tự trị Thái đương thời, nơi luật truyền thống của người Thái được dùng làm luật căn bản.